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允英學術簡報:DNAplus?與AllNGS?雙星閃耀 | 成功鑒定肺癌患者胸水樣本中分子標記特征
發(fā)布時間: 2021-12-17 14:24:13

    肺癌是最常見的和致死率最高的惡性腫瘤疾病,中國2020年新發(fā)肺癌病例82萬人,死亡病例71萬,其中約80-85%為非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者。多達50-70%的NSCLC患者診斷即晚期,且不滿足手術條件,因此很難獲取足夠數量的腫瘤組織進行基因檢測,定制個體化靶向用藥方案。

    允英醫(yī)療攜手常州二院,充分利用自己的核心技術優(yōu)勢,積極探索肺癌患者替代組織基因檢測的液體活檢方案。本研究入組了108名肺癌患者,采集了患者的惡性胸腔積液(malignant pleural effusion,MPE)作為樣本,利用允英自研的高效游離DNA提取技術DNAplus?提取樣本中的游離DNA(cell-free DNA,cfDNA),并基于高效液相雜交捕獲的允英AllNGS?技術構建測序文庫并進行高通量測序,尋找腫瘤分子特征標記物與臨床用藥靶點。

    結果顯示,允英AllNGS?技術的測序數據覆蓋度接近100%,平均深度約3492×,性能是同類研究結果的10倍。測得突變位點依據臨床用藥意義是否明確被分為兩組,研究利用ARMS-PCR(amplification refractory mutation system)技術對頻率在1-10%的突變進行了成功驗證(圖1)。


        圖1 AllNGS?在108例肺癌患者MPE樣本中檢測結果
    本研究發(fā)現(xiàn),108名患者的MPE樣本中僅檢測到2例(1.9%)存在ERBB2 M774_A775insAYVM突變,該突變表現(xiàn)出對曲妥珠單抗(Herceptin)等藥物的敏感性;而83例(76.8%)患者存在意義不明的ERBB2突變。同時,在93例(86%)患者中檢出EGFR突變,其中62名患者(66.7%)的EGFR突變與靶向藥物(如吉非替尼,阿法替尼,奧西替尼等)敏感性相關;其余31名患者(33.3%)未觀察到可靶向用藥的突變。另有15名患者為野生型EGFR(圖2),其余諸如ALK-EML4融合(6例,5.6%)等多種靶向用藥相關突變均有檢出。

         圖2 108例肺癌患者MPE樣本中EGFR突變檢測結果

    此外,本研究還發(fā)現(xiàn),部分突變頻率不僅存在性別差異,還與年齡強相關。ERBB2、PIK3CA、BRAF、KRAS及EGFR 21號外顯子與18號外顯子等用藥相關突變頻率均隨年齡增長而增加;而EGFR 20號外顯子、ROS1融合等用藥相關突變的頻率則隨著年齡增長而降低(圖3)。

         圖3 108例肺癌患者MPE樣本中基因突變頻率與年齡分布
    綜上,本研究不僅揭示了晚期肺癌患者的基因突變特征,也明確了惡性胸腔積液樣本是一種可靠的液體活檢替代樣本,能夠為不滿足組織取材臨床條件的肺癌患者提供基因檢測與用藥參考。


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